Genetic and Phenotypic Investigations of Viral Subpopulations Detected in Different Tissues of Laying Hens Following Infectious Bronchitis Virus Infection
Notice bibliographique
Résumé
Infectious bronchitis virus (IBV) commonly produces a range of genetic sequences during replication, particularly in the spike 1 (S1)-coding portion of the S gene, leading to distinct subpopulations within the broader viral population. It has been shown that certain microenvironments exert selective pressure on the S1-coding sequences and their encoded proteins, influencing the selection of viral subpopulations in these environments. In this study, high-throughput next-generation sequencing (NGS) was used to analyze the S1-coding sequences from tissues of the respiratory, digestive, renal, and reproductive systems of specific pathogen-free (SPF) laying hens. These tissues were collected nine days after infection with the California 1737/04 (CA1737/04) IBV strain, which is known to cause varying degrees of pathology in these tissues. Using a specific bioinformatics pipeline, 27 single nucleotide variants (SNVs) were detected in the S1-coding sequences derived from different tissues. These SNVs shaped multiple subpopulations (SP1-SP15), with SP1 being the core subpopulation present in all tissues, while others were tissue-specific. The IBV RNA loads in the tissues were negatively correlated with the number of SNVs or the Shannon entropy values, and phylogenetic analysis revealed a genetic divergence in the S1-coding sequences from certain tissues with lower viral RNA loads, particularly those from the trachea and ovary. Furthermore, the SNVs were associated with nonsynonymous mutations, primarily located in hypervariable region 2 (HVR 2) within the N-terminal domain of S1 (S1-NTD), except for those in SP7, which was exclusive to the trachea and contained changes in HVR 3 in the C-terminal domain of S1 (S1-CTD). Overall, this study adds to the existing knowledge about IBV evolution by highlighting the role of tissue-specific environments in shaping viral genetic diversity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».