Population structure and domestication history of the Javan banteng ( <i>Bos javanicus javanicus</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The domestication of the banteng in Southeast Asia is one of the World’s least known livestock domestications, yet a vital component of the agricultural system in Indonesia and surrounding countries. Here we generated the first reference genome of the banteng and used it to analyze a set of 78 resequenced wild and domesticated bantengs, including 19 newly generated whole-genome sequenced samples of which three are historical samples. We found low heterozygosity and significant differentiation, the latter primarily driven by recent genetic drift and inbreeding in two populations, and clearly attributable to anthropogenically driven founder events or ex-situ breeding. Population structure when excluding these two populations was limited, and we found that the evolutionary divergence between wild and domestic banteng is moderate ( F ST = 0.14), relatively young (10,356 years), and with post-divergence gene flow. We found only weak signals of a domestication bottleneck between ∼6100-2900 years ago, and genetic diversity is on average higher in domestic than in wild banteng. Despite the soft domestication history, we found 56 candidate genes under selection during domestication, with the leptin receptor gene ( LEPR ) of particular interest due to the robust selection signal across methods, and its known association to metabolism, obesity and energy homeostasis. Finally, genetic load estimation revealed that Bali cattle in Australia have high realized load, while Bali cattle from Bali have high masked load. These findings provide the first genomic insights into an understudied bovine that is Critically Endangered in its wild form, and agriculturally important in its domesticated form.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».