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Enregistrement W4409186915 · doi:10.1016/j.jmb.2025.169124

An RNA Condensate Model for the Origin of Life

2025· review· en· W4409186915 sur OpenAlexafffund
Jacob L. Fine, Alan M. Moses

Notice bibliographique

RevueJournal of Molecular Biology · 2025
Typereview
Langueen
DomainePhysics and Astronomy
ThématiqueOrigins and Evolution of Life
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésAbiogenesisRNARNA world hypothesisChemistryBiologyGeneticsRibozymeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Proposed mechanism of compartmentalization and self-replication via an RNA condensate: (1) condensation, (2) RNA-templated polymerization (green arrows) and growth, and (3) division. • RNA condensates may have served as self-replicating catalysts for the origin of life and the RNA World. • RNA condensates formed by short RNAs lower the error threshold and unify replication and compartmentalization. • RNA condensates may spontaneously begin a ‘condensate chain reaction’ leading to natural selection. • Within a standard polymer physics framework, key parameters for the model are defined. • These hypotheses about the origin of life can readily be tested by experiment or simulation. The RNA World hypothesis predicts that self-replicating RNAs evolved before DNA genomes and coded proteins. Despite widespread support for the RNA World, self-replicating RNAs have yet to be identified in a natural context, leaving a key ‘missing link’ for this explanation of the origin of life. Inspired by recent work showing that condensates of charged polymers are capable of catalyzing chemical reactions, we consider a catalytic RNA condensate as a candidate for the self-replicating RNA. Specifically, we propose that short, low-complexity RNA polymers formed catalytic condensates capable of templated RNA polymerization. Because the condensate properties depend on the RNA sequences, RNAs that formed condensates with improved polymerization and demixing capacity would be amplified, leading to a ‘condensate chain reaction’ and evolution by natural selection. Many of the needed properties of this self-replicating RNA condensate have been realized experimentally in recent studies and our predictions could be tested with current experimental and theoretical tools. Our theory addresses central problems in the origins of life: (i) the origin of compartmentalization, (ii) the error threshold for the accuracy of templated replication, (iii) the free energy cost of maintaining an information-rich population of replicating RNA polymers. Furthermore, we note that the extant nucleolus appears to satisfy many of the requirements of an evolutionary relic for the model we propose. More generally, we suggest that future work on the origin of life would benefit from condensate-centric biophysical models of RNA evolution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,986
Score d'incertitude au seuil0,458

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,379
Écart entre enseignants0,336 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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