The genome of the MZM-0403 strain of the African turquoise killifish, <i>Nothobranchius furzeri</i>
Notice bibliographique
Résumé
The African turquoise killifish, Nothobranchius furzeri, is an emerging model for functional genomics research. Interest in N. furzeri stems from its extremely short lifespan, and the breadth of research on this fish is rapidly expanding. All currently available whole-genome assemblies for N. furzeri are based on the GRZ strain. However, N. furzeri shows substantial phenotypic differences among populations. Here, we present a whole-genome assembly of the MZM-0403 strain of N. furzeri, which differs from the GRZ strain with respect to lifespan and male coloration patterns. We used PacBio HiFi sequencing to sequence the genome of an MZM-0403 male to ∼48 × coverage. The PacBio reads were de novo assembled and then scaffolded against an existing N. furzeri genome assembly. This strategy resulted in a chromosome-level assembly. Our MZM-0403 assembly differs from previous N. furzeri assemblies in that it is closer to the expected genome size based on independent estimates (∼1.5 Gb) and it has substantially fewer gaps, particularly in the vicinity of genes and within introns. A repeat analysis shows that about two-thirds of the genome is composed of repetitive elements. In addition, our assembly approach allowed us to recover phased fragments of the X- and Y-chromosomes. Analysis of these regions identifies 20 genes that are likely in the nonrecombining region of the sex chromosomes. Overall, this novel genome assembly will be useful for future functional and comparative genomics studies of fishes in the genus Nothobranchius.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».