Phylogenomics and population genomics of Nothobranchius in lowland Tanzania: species delimitation and comparative genetic structure
Notice bibliographique
Résumé
Annual killifishes of the genus Nothobranchius are widespread across East Africa, with a particularly high biodiversity in lowland Tanzania. While they are typically found in ephemeral pools, the pools vary greatly in size, connectivity and inundation patterns. It was previously suggested that main river channels formed significant barriers to Nothobranchius dispersal. Here, we study the distribution of genetic lineages in an equatorial part of their range where main river channels that may act as barriers occur and closely related lineages frequently coexist in secondary contact zones. We used single-nucleotide polymorphism (SNP) dataset from double-digest restriction site-associated DNA (ddRAD) sequencing to investigate how genetic diversity is structured in Nothobranchius species from the coastal lowlands of Tanzania. Our analyses resolved some uncertain phylogenetic relationships within the N. melanospilus and N. guentheri species groups and placed N. flammicomantis outside the Coastal clade. Rather than a shared intraspecific genetic diversity pattern across four coexisting and widely distributed species, we found highly diverse patterns of intra-specific genetic structure among N. eggersi, N. janpapi, N. melanospilus and N. ocellatus. Populations of Nothobranchius species from the humid coastal lowlands of Tanzania are therefore structured, but not constrained by barriers formed by river channels or by basins - in contrast to Nothobranchius species from the dry part of their distribution. Some of the genetic relationships determined call for a re-evaluation of taxonomic delimitations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».