A Novel Prognostic Signature Integrating Immune and Glycolytic Pathways for Enhanced Prognosis and Immunotherapy Prediction in Hepatocellular Carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Background: This study aimed to establish an immune-glycolysis-related prognostic signature (IGRPS) to predict hepatocellular carcinoma (HCC) outcomes. Additionally, it explored the role of this signature in the tumor immune microenvironment (TIME), glycolytic pathways, and immunotherapy. Methods: We analyzed RNA-seq, single-cell sequencing, and immune- and glycolysis-related gene datasets from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and Gene Expression Omnibus (GEO). Using weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), F-test, and Cox regression, we identified key survival-related immune and glycolytic genes (SRIGRGs) and developed an IGRPS through multivariate Cox regression. The IGRPS's predictive performance was validated in training and validation cohorts using Kaplan-Meier survival analysis, receiver operating characteristic (ROC) curves, and a prognostic nomogram. Its correlation with TIME and its ability to predict immunotherapy outcomes were also assessed. In vitro experiments were conducted to analyze the expression and function of IGRPS genes in HCC. Results: Thirteen SRIGRGs were identified for constructing the IGRPS. Patients with low-risk scores had significantly longer survival times. The area under the curve (AUC) for ROC curves was over 0.73 for training and 0.7 for validation cohorts, with C-indices of 0.721 and 0.79, respectively. IGRPS was confirmed as an independent prognostic indicator. Patients in the low-risk group showed better responses to combined anti-CTLA4 and anti-PD-1 therapies. In vitro experiments indicated that PRKAG1 and B3GAT3 were upregulated, enhancing glycolysis and promoting HCC cell proliferation and migration. Conclusion: The IGRPS, based on immune- and glycolysis-related genes, effectively predicted prognosis and immunotherapy responses in HCC patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».