Abstract 2744: Interrogating the functional roles of differential CTCF-binding sites in IDH-mutant gliomas using a novel CRISPR library
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Isocitrate dehydrogenase (IDH) mutations are frequently observed in gliomas, and their mutation status is accepted as a CNS tumor classification marker. IDHs are enzymes that convert isocitrate into alpha-ketoglutarate (α-KG). Mutations in IDHs cause neomorphic enzymatic activity, by which D-2-hydroxyglutarate (2- HG), the oncometabolite, is produced from α-KG. This leads to the inhibition of α-KG-dependent enzymes, such as DNA and histone demethylases, thus altering chromatin structure and gene expression profile. CTCF is a methylation-sensitive structural protein that recognizes specific DNA motifs. It dimerizes, together with cohesin, forms chromatin loops, and determines the boundaries of topologically associated domains. Previous work demonstrated that IDH-mutant gliomas have hypermethylation at CTCF-binding sites, leading to reduced CTCF binding and permitting a constitutive enhancer to interact aberrantly with a glioma oncogene. Despite the unique epigenetic features of IDH-mutant gliomas and the ever-increasing importance of IDH mutation in patient prognosis, there has been no comprehensive study on the functional roles of CTCF binding sites in these tumors.We reanalyzed publicly available CTCF ChIP-seq data of three IDH-wild type (wt) and three IDH-mutant glioma cell lines, determined differential CTCF ChIP-seq regions, and aimed to explore their functional roles in glioma survival. To investigate the effect of methylation and demethylation of a specific CTCF binding site in both IDH-wt and -mutant gliomas, we developed a novel paired gRNA library targeting the left and right sides of these differential regions, which consists of 899 paired gRNAs. The CRISPR droplet screens are being conducted using dCas9-fused DNMT3A&3 and TET1 effector proteins, causing DNA methylation and demethylation, respectively. Beyond the alterations of gRNAs in the population, the single-cell transcriptomic readout will be obtained at the end of the screen.Our library design offers advantages over available libraries as it can be utilized with different CRISPR approaches. This high-throughput epigenome editing approach will allow for identifying regulatory interactions leading to tumor cell survival in IDH-wild type and -mutant gliomas. Citation Format: Ebru Yilmaz, Alisan Kayabolen, Dogancan Ozturan, Tahsin E. Tekoglu, Ester Calvo Fernández, Sedef Sarac Yalcinkaya, Nathan A. Lack, Mario L. Suvà, Tugba Bagci Onder. Interrogating the functional roles of differential CTCF-binding sites in IDH-mutant gliomas using a novel CRISPR library [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 2744.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».