Abstract 3883: Evolution of genomic and epigenomic heterogeneity in prostate cancer from tissue and liquid biopsies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Castration resistant prostate cancer (CRPC) is an aggressive, highly plastic, late-stage disease. We previously showed that the two histological subtypes, adenocarcinoma (CRPC-Adeno) and neuroendocrine (CRPC-NE), show four epigenetic and transcriptomic subtypes: CRPC-AR depends on the androgen receptor pathway, CRPC-SCL is stem-cell like, CRPC-WNT is dependent on the WNT pathway, and CRPC-NE has high expression of neuroendocrine markers. Here, by analyzing data from 500 patients with tissue and/or liquid biopsies, we uncover the landscape of molecular heterogeneity in patient tumors. Analysis of whole-genome sequencing revealed genomic variants associated with CRPC-SCL and allowed development of a computational classifier which can predict presence of CRPC-SCL in patient tumors solely using genomic alterations with 81% accuracy. In particular, analysis of matched chromatin conformation data (Hi-C) showed a complex rearrangement on chromosome 4 disrupts enhancer - promoter contacts leading to downregulation of MOB1B, which can lead to upregulation of the YAP/TAZ pathway that is characteristic of CRPC-SCL. Joint computational inference of epigenomic state and genomic variants from cell-free DNA collected at multiple points during the evolution of resistance to AR signaling inhibitors allowed investigation of genomic and epigenomic co-evolution at an unprecedented resolution. We discuss the current limits of detection for tumoral epigenomic and genomic states using cell-free DNA for clinical application. Importantly, our study demonstrates the utility of liquid biopsies for discovery of basic biological mechanisms leading to treatment resistance, beyond their use for biomarkers. Citation Format: Marjorie Roskes, Alexander Martinez-Fundichely, Weiling Li, Sandra Cohen, Hao Xu, Shahd ElNaggar, Anisha Tehim, Metin Balabin, Chen Khuan Wong, Yu Chen, Ben Raphael, Ekta Khurana. Evolution of genomic and epigenomic heterogeneity in prostate cancer from tissue and liquid biopsies [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 3883.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».