Abstract 6445: Atypical teratoid rhabdoid tumor development mirrors developmental programs
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Atypical Teratoid Rhabdoid Tumors (ATRTs) are pediatric malignancies that arise primarily in young children under the age of 3. While ATRTs are known to segregate into three epigenetically defined subgroups, termed SHH, TYR, and MYC, little is known about the cellular contexts of how these deadly tumors arise and gain tumorigenic properties. We hypothesized that this early onset of disease reflects tumorigenic events in utero. Indeed, previous research has demonstrated maintenance of embryogenesis programs in other pediatric brain tumors. To characterize the cellular contexts that give rise to ATRTs, we curated 12 single cell and single nuclei RNAseq datasets of human and mouse embryogenesis and developed an atlas and well as a pipeline to match tumors to their most similar embryogenic landmark and timepoint, based on the published cell type identification tool SingleR. We applied this pipeline to two ATRTs single cell datasets generated on the 10X genomics platform: one from primary human samples (N = 33), and one from a tamoxifen inducible ATRT mouse model (N = 8). To validate the accuracy of our pipeline, we first examined the signatures from our ATRT mouse model. Our pipeline accurately predicted cell types and timepoint within the induction window of E6.5-8.5, suggesting that indeed tumors transcriptionally resemble their cellular contexts. Results on both human and mouse ATRTs reveals that ATRTs resemble two distinct developmental trajectories: one resembling a gradient of neuronal differentiation from neuroepithelial (NES, SOX2, OTX2) to radial glial cell (TTYH1, ASCL1, FAPB7) types, and a second trajectory characterized by distinctly mesenchymal signatures (COL1A2, PDGFRB). Single cell GSEA showed enrichment of pathways involved in radial glial and mesenchymal signalling, such as WNT, SHH, and PDGFRB signalling. Findings were validated through marker gene immunohistochemistry and spatial transcriptomics. Taken together, our results demonstrate that ATRTs transcriptionally resemble the developmental contexts of which they arise from. By identifying cellular origins of tumorigenesis, we can exploit this novel information to discover potential therapeutic avenues. Citation Format: Fupan Yao, Dean Popovski, Andrew Bondoc, James Rutka, Trevor Pugh, Annie Huang. Atypical teratoid rhabdoid tumor development mirrors developmental programs [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 6445.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».