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Enregistrement W4409698076 · doi:10.1128/msphere.00020-25

Virus species names have been standardized; virus names remain unchanged

2025· article· en· W4409698076 sur OpenAlexfundno aff
F. Murilo Zerbini, Peter Simmonds, Evelien M. Adriaenssens, Elliot J. Lefkowitz, Hanna M. Oksanen, Poliane Alfenas‐Zerbini, Frank O. Aylward, Juliana Freitas‐Astúa, Holly R. Hughes, Małgorzata Łobocka, Mart Krupovìč, Jens H. Kuhn, Arcady Mushegian, Judit J. Pénzes, Alejandro Reyes, David L. Robertson, Simon Roux, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Donald B. Smith, Nobuhiro Suzuki, Dann Turner, Koenraad Van Doorslaer, Arvind Varsani

Notice bibliographique

RevuemSphere · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Institutes of HealthMedical Research Council CanadaAcademy of FinlandConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesEuropean CommissionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloU.S. Department of Agriculture
Mots-clésNomenclatureVirus classificationEpithetBiologyVirusTaxonomy (biology)TaxonCorrect nameVirologyLinguisticsZoologyBotanyGeneticsGenomePhilosophy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Virus taxonomy, comprising classification and nomenclature, is regulated by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Taxon names are standardized to facilitate recognition and communication, with defined suffixes for each rank (e.g., the names of orders, families, and genera end in -virales , - viridae, and -virus , respectively). However, until recently, a standard format for species names was lacking. In 2021, following extensive discussion and community consultation, the ICTV decided to adopt a standardized binomial (Linnaean) format for virus species names, consisting of the genus name followed by a “freeform” species epithet. Previously assigned virus species names that were non-compliant with the binomial format have been fully updated. In contrast to taxon names regulated by the ICTV, the names of viruses, or “common” names, such as yellow fever virus or human immunodeficiency virus, are not under the remit of the ICTV and have not been changed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,028
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,039
Score d'incertitude au seuil0,132

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0120,028
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0070,010
Études des sciences et des technologies0,0030,003
Communication savante0,0070,007
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0020,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0390,054

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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