Tet Methylcytosine Dioxygenase 2 (<scp><i>TET2</i></scp>) Mutation Drives a Global Hypermethylation Signature in Patients With Pulmonary Arterial Hypertension (<scp>PAH</scp>): Correlation With Altered Gene Expression Relevant to a Common T Cell Phenotype
Notice bibliographique
Résumé
Epigenetic changes in gene expression due to DNA methylation regulate pulmonary vascular structure and function. Genetic or acquired alterations in DNA methylation/demethylation can promote the development of pulmonary arterial hypertension (PAH). Here, we performed epigenome-wide mapping of DNA methylation in whole blood from 10 healthy people and 19 age/sex-matched PAH patients from the PAH Biobank. Exome sequencing confirmed the absence of known mutations in PAH-associated gene variants identifying subjects with or without mutations of TET2, a putative PAH gene encoding the demethylating enzyme, TET2. DNA of patients with PAH and no TET2 mutation was hypermethylated compared to healthy controls. Patients with PAH and a TET2 mutation had greater DNA CpG methylation than mutation-free PAH patients. Unique Differentially Methylated Regions (DMR) were more common in patients with PAH with TET2 mutations (1164) than in PAH without mutations (262). We correlated methylome findings with a public PAH transcriptomic RNA dataset, prioritizing targets that are both hypermethylated in our cohort and downregulated at the RNA level. Relative to controls, functional analysis reveals enriched functions related to T cell differentiation in PAH patients with a TET2 mutation. We identified genes with downregulated expression that were hypermethylated in PAH patients (with or without a TET2 mutation). In both cases, a conserved T cell phenotype emerged. Pan-chromosomal hypermethylation in PAH is greatest in patients with TET2 mutations. Observed hypermethylation of genes involved in the pathogenesis of PAH, such as EIF2AK4, and transcription factors that regulate T cell development, such as TCF7, merit further study and may contribute to the inflammation in PAH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».