Within-laboratory SARS-CoV-2 real time PCR testing operations in Nepal: a simulation-based analysis
Notice bibliographique
Résumé
Background: COVID-19 has challenged entire health systems, including laboratories. To address the increasing demand for tests to inform the epidemiology of the disease and for case management purposes, many countries made significant investments to rapidly expand laboratory capacity for detecting SARS-CoV-2. In this study, we used a simulated laboratory environment, based on a model of operating laboratories in Nepal, to identify opportunities for improvement. Methods: We developed a discrete event simulation (DES) model, based on data from and in collaboration with Nepali health authorities, to analyse laboratory operations in Nepal. We used a series of "what-if" scenarios under different levels of testing demand and staffing to investigate bottlenecks in the processing of COVID-19 samples in a simulated laboratory environment, assess the impact of potential reagent shortages and increased automation, and more generally, explore the key factors that drive the performance and resilience of the testing system. Findings: Suboptimal staff allocation and scheduling can limit the timely return of laboratory results; however, better staff allocation can mitigate bottlenecks and reduce the impact of reagent shortages. For example, when the demand is 720 samples per day and seven staff members are on duty, adding one additional staff member improves reporting time (reduction from 48 h to approximately 32 h). However, changes in scheduling can increase the average time to return the results to over 200 h. A one-day reagent shortage appears to have minimal impact, but a delay of five days significantly increases the reporting time, reaching nearly 150 h. Increasing automation or better process coordination for sample registration can also lead to better performance, reducing the average reporting time from over 60 h to just under 24 h. Interpretation: Our findings identify important bottlenecks and challenges, along with ways to address them, and thus provide important lessons for improving disease testing operations for this and future pandemics. Funding: WHO Special Programme for Research and Training in Tropical Diseases (TDR).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».