The differential impact of HNRNPA1 isoforms on gene expression and their relevance to dsRNA-mediated innate immune response
Notice bibliographique
Résumé
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 (HNRNPA1) is a highly abundant RNA binding protein alternatively spliced in two main isoforms named, hnRNP A1 and hnRNP A1B. While being ubiquitously expressed, both isoforms have different cellular localizations and are differentially expressed in tissues during development and aging. To improve our understanding of the cellular function of each isoform, we performed RNA sequencing in cells exclusively expressing hnRNP A1 or hnRNP A1B. As expected, some genes were commonly regulated, however > 300 genes were differentially regulated by the two isoforms. Functional annotation indicated an enrichment for genes implicated in cellular defense, especially for innate immunity and dsRNA response. Here, we demonstrate that in basal conditions, hnRNP A1, but not hnRNP A1B, represses interferon stimulated genes including the family of dsRNA sensors oligoadenylate synthases (OASs). Thus, the dsRNA-mediated interferon antiviral response can be potentiated by the loss of hnRNP A1-mediated repression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».