Optimizing imputation strategies for mass spectrometry-based proteomics considering intensity and missing value rates
Notice bibliographique
Résumé
Missing values (MVs) in omic datasets affect the power, accuracy, and consistency of statistical and functional analyses. In mass spectrometry (MS)-based proteomics, MVs can arise due to several reasons: peptides could be below instrumental detection limits, peptides or proteins might be absent or depleted from the sample for biological or technical reasons, or data processing could fail to detect a real signal. Several statistical and machine-learning methods have been described for imputing MVs in proteomics, such as Bayesian PCA estimation, random forest, and collaborative filtering. However, these approaches typically do not account for the underlying causes of MVs and treat all missing data uniformly, potentially introducing biases that affect the biological validity of the conclusions drawn from the imputed datasets. We found a strong negative correlation between the proportion of MVs and the average intensity for the individual protein, with more abundant proteins having fewer, but rarely zero, MVs. We divided the peptides from all proteins into nine bins based on their intensities and proportion of MV. Assuming the causes of MVs could be different in different regions, we then investigated the optimal imputation method in each bin, using normalized root mean square error (NRMSE), and found that the optimal imputation method varies across bins. A mix-imputed dataset was assembled using the optimal imputation method from each bin, and it was confirmed to exhibit low deviation from the original unimputed dataset, demonstrating mixing the optimal imputation method from each bin is a reliable strategy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,022 | 0,035 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».