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Enregistrement W4410114475 · doi:10.1111/tpj.70193

A combined transcriptomic and metabolomic analysis reveals the metabolic reprogramming of developing thermogenic tissues in <i>Nelumbo nucifera</i>

2025· article· en· W4410114475 sur OpenAlexaff
Miao Yu, Siqin Wang, Jin Zhang, Yujun Liu, Ilga Porth, Ruohan Wang

Notice bibliographique

RevueThe Plant Journal · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant biochemistry and biosynthesis
Établissements canadiensUniversité LavalCentre de Géomatique du Québec
Organismes subventionnairesFundamental Research Funds for the Central UniversitiesNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésMetabolomicsThermogenesisBiologyBiochemistryTranscriptomeMetabolismSecondary metabolismAlternative oxidaseChemistryBotanyBiosynthesisMitochondrionAdipose tissueEnzymeBioinformaticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Thermogenic plants exhibit high biosynthetic and energetic demands in their thermogenic organs at specific developmental stages. The receptacle of Nelumbo nucifera undergoes metabolic shifts alongside enhanced energy metabolism. Using infrared thermal imaging, we identified the greatest temperature difference between the receptacle and outer petals at the onset (S1) and peak (S2) thermogenic stages. Transcriptomic analysis revealed that alternative oxidase (AOX) and uncoupling protein (UCP) were highly expressed at both S1 and S2, while the expression level of cytochrome c oxidase (COX) at S2 was even lower than that at the pre-thermogenic stage (S0), indicating a possible respiratory flux shift favoring AOX respiration at S2. Additionally, the upregulation of UCP at the thermogenic stages raises the possibility of UCP-fueled thermogenesis. Metabolomic profiling revealed dynamic changes in both primary and secondary metabolites. At S0, amino acids and nucleotides accumulated significantly, while fatty acyl metabolites were prominently enriched at S2. At S2, volatile organic compounds (VOCs) were upregulated compared with S0, aligning with their potential roles in pollinator attraction, whereas phenolics, flavonoids, and condensed tannins declined compared with S1. The thermogenic decline stage (S3) and post-thermogenic stage (S4) were characterized by the reaccumulation of these non-volatile secondary metabolites, along with increased lignin biosynthesis. This study provides new insights into the metabolic adaptations of N. nucifera in plant-environment interactions and highlights the synergistic interplay between thermogenesis and secondary metabolism in promoting reproductive success.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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