Metabolic mapping of the human solute carrier superfamily
Notice bibliographique
Résumé
Solute carrier (SLC) transporters govern most of the chemical exchange across cellular membranes and are integral to metabolic regulation, which in turn is linked to cellular function and identity. Despite their key role, individual functions of the SLC superfamily members were not evaluated systematically. We determined the metabolic and transcriptional profiles upon SLC overexpression in knock-out or wild-type isogenic cell backgrounds for 378 SLCs and 441 SLCs, respectively. Targeted metabolomics provided a fingerprint of 189 intracellular metabolites, while transcriptomics offered insights into cellular programs modulated by SLC expression. Beyond the metabolic profiles of 102 SLCs directly related to their known substrates, we identified putative substrates or metabolic pathway connections for 71 SLCs without previously annotated bona fide substrates, including SLC45A4 as a new polyamine transporter. By comparing the molecular profiles, we identified functionally related SLC groups, including some with distinct impacts on osmolyte balancing and glycosylation. The assessment of functionally related human genes presented here may serve as a blueprint for other systematic studies and supports future investigations into the functional roles of SLCs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».