Transcriptional and epigenetic dynamics of sex determining gene PdFERR and MADS-box related genes during flower development in Populus deltoides
Notice bibliographique
Résumé
Manipulation of genes controlling sex differentiation, flower development, and flowering in poplar is pivotal to shortening the juvenile phase for a speed breeding system or eliminate flowering to reduce the dispersions of polluting pollens and hairy seeds. The sex-determining gene (PtARR17/PdFERR) and some core transcriptional regulators, such as the MADS-box gene AGMOUS, have been identified in Populus. However, the interactions among them have not been explored well. Here, we integrated RNA-seq, small RNA-seq, and Bisulfite-seq to characterize the dynamics of regulatory genes at multiple levels. Ninety-six MADS-box genes were identified, which can be grouped into 6 clusters based on expression level. The E-class genes exhibited diverse expression patterns, suggesting differentiated regulatory roles. Through deep sequencing, 236 miRNAs targeting more than 4500 genes were annotated. Eight MADS-box genes were predicted as direct targets of miRNAs. At the genome level, DNA methylation at stage T2 is higher than in the later stages. More than 10K genes were differentially methylated between female and male flower buds, indicating the significant regulatory roles of DNA methylation in flower differentiation. The MADS-box-centered regulatory network consists of co-expressed transcription factors, and miRNA genes were constructed. The correlations between PdFERR and transcription factors, including MADS-box genes and other environment-responsive genes, provide clues to understand the labile sex expression. Our study provides candidate genes for engineering of flower development process for trait improvement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».