Investigation of Integrase Inhibitor Resistance Mutations in gp41 in Clinical Samples
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Mutations conferring resistance to HIV Integrase Strand Transfer Inhibitors (INSTI) can occur outside integrase, including in env gp41, in vitro, but it remains unclear whether these arise under INSTI selection in vivo. METHODS: Using a large database of clinically-derived HIV sequences linked to antiretroviral treatment histories, we sought to identify mutations in gp41 associated with INSTI exposure by comparing integrase and gp41 amino acid frequencies in INSTI-naïve versus INSTI-treated individuals. Gp41 was investigated because this region is routinely sequenced to assess fusion inhibitor resistance. RESULTS: We identified 72 individuals with subtype B HIV for whom a genotypic INSTI resistance test performed after ≥3 months of INSTI exposure revealed susceptibility to all INSTIs (HIVdb v8.8; score<15), and for whom plasma INSTI concentrations were detectable by mass spectrometry. Gp41 sequencing was successful for 52 (72%) of these. The median INSTI exposure duration in this group was 20 (Q1-Q3:10-39) months, with raltegravir (>54%), dolutegravir (52%) and elvitegravir (23%) being the most frequently prescribed. Comparison of gp41 amino acid frequencies between this group and a comparison group of 1221 gp41 sequences from INSTI- naïve individuals using Fisher's exact test with Benjamini-Hochberg correction for multiple comparisons identified the gp41 substitution V182I (OR=3.75, p=2.2x10-4, q=0.01) as over-represented among INSTI-treated persons. When comparing gp41 sequences pre- and post-INSTI therapy in this group however, no evidence of INSTI-driven selection was observed at this position. CONCLUSION: While off-target INSTI substitutions may arise in vivo, there is currently insufficient evidence to recommend expanding INSTI resistance testing to include Env.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».