QTL Identification and Candidate Gene Prediction for Spike-Related Traits in Barley
Notice bibliographique
Résumé
Barley (Hordeum vulgare L.) is one of the most important cereal crops in the world, and its production is important to humans. Barley spike morphology is highly correlated with yield and is also a complex multigene-controlled quantitative trait. To date, a considerable number of spike-related quantitative trait loci (QTLs) have been reported in barley, but the large physical distances between most of them and the lack of follow-up studies have made it difficult to use them in molecular-assisted breeding in barley. To explore more novel and yield-enhancing spike QTLs, in this study, a high-density genetic linkage map was developed based on a population of 172 F2:12 recombinant inbred lines (RILs) developed from a cross between the barley variety Yongjiabaidamai (YJ) and Hua 30 (H30), and used to map the spike length (SL), rachis node number (SRN), and spike density (SD). A total of 50 additive QTLs (LOD > 3) were mapped in four environments, four of them being stable and major QTLs. The qSL2-5 overlaps with the zeo1 gene, comparing the gene sequences of both parents and combining with previous studies, zeo1 was determined to be the SL regulatory gene in qSL2-5. The qSRN2-1 overlaps with vrs1, but it has not been previously reported that vrs1 affects SRN. Notably, two novel QTLs, one each on chromosomes 2H (qSL2-1) and 5H (qSL5-1), respectively, were first identified in this study. The qSL2-1 has only 0.06 Mb and contains three high-confidence genes. In addition, this study explored the relationship between three spike traits, and found that SL was affected by both SRN and SD, while there was almost no relationship between SRN and SD. We also explored the effect of these QTLs on grain weight per spike (GWPS) to assess their effect on yield and found that qSRN2-1 and qSL5-1 had a greater effect on GWPS, suggesting that they are potential loci to increase yield.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».