<i>In silico</i> and <i>in vitro</i> comparative analysis of 79 <i>Acinetobacter baumannii</i> clinical isolates
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Acinetobacter baumannii is a significant nosocomial bacterial pathogen that poses a substantial infection risk due to its high resistance to antibiotics and ability to survive in hospital environments. In this study, we performed comprehensive in silico and in vitro analyses on 79 A. baumannii clinical isolates from different geographical locations to uncover their genomic and epidemiological characteristics as well as their antibiotic and phage susceptibilities. Our findings revealed considerable genomic diversity among the isolates, as shown by average nucleotide identity (ANI) heat maps, multilocus sequence typing (MLST), and core genome MLST (cgMLST). We identified several international clones known for their high antibiotic resistance and global prevalence. Surprisingly, we also observed that the number of antimicrobial resistance genes (ARGs) was higher in isolates containing CRISPR-Cas systems. Plaque assays with 13 phages indicated that Acinetobacter phages have a narrow host range, with capsule loci (KL) serving as a good indicator of phage-bacteria interactions. The presence of CRISPR-Cas systems and other antiviral defense mechanisms in A. baumannii genomes also appears to play a key role in providing phage resistance, regardless of the phage receptors. We also found that spacers associated with subtypes I-F1 and I-F2 CRISPR-Cas systems predominantly target prophages, suggesting a role in maintaining genomic stability and contributing to phage-bacteria co-evolution. Overall, this study provides a set of highly characterized A. baumannii clinical isolates for future studies on antibiotic-phage-bacteria interactions. IMPORTANCE Acinetobacter baumannii poses a significant challenge to the healthcare system due to its antibiotic resistance and strong survival mechanisms. This study examines a diverse collection of 79 clinical isolates to deepen our understanding of A. baumannii ’s genetic characteristics and its defense mechanisms against both antibiotics and phages. Genomic analysis revealed globally prevalent, highly resistant clones and uncovered a complex role for CRISPR-Cas systems. Although CRISPR-Cas systems were not widespread among these isolates, they primarily targeted prophages. Additionally, the study emphasizes the importance of capsule types as indicators of phage susceptibility. Together, these findings provide insights into the pathogen’s resilience and evolutionary adaptations, potentially guiding future research on infection control strategies and new therapeutic approaches to combat A. baumannii infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».