Tracking the genome-wide occupancy of Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 in endosperm development
Notice bibliographique
Résumé
Endosperm development is crucial for embryo growth and seed maturation. LEAFY COTYLEDON1 (LEC1), expressed in both endosperm and embryo, serves as a key regulator of seed development, orchestrating processes such as embryogenesis and seed maturation. LEC1 expression in the endosperm is detectable within a day after fertilization, yet its specific regulatory networks and developmental functions in this tissue remain unclear. To address this, we employed a modified INTACT system to isolate endosperm nuclei and performed ChIP-seq to map the genome-wide binding profile of LEC1 in developing endosperm. Integrating ChIP-seq with transcriptomic analyses, we uncover a critical role for LEC1 in regulating diverse biological pathways. Differential gene expression analysis in the endosperms of lec1 mutant and wild type shows substantial changes, particularly in genes involved in secondary cell wall biogenesis, photosynthesis, and lipid metabolism. Notably, LEC1's regulatory networks in the endosperm shift significantly after cellularization, with distinct genes being activated in the cellular and degeneration stages. The absence of LEC1 causes significant alterations in endosperm metabolism, particularly affecting storage lipid fatty acid composition. These findings provide insights into the essential role of LEC1 in endosperm development and its broader impact on seed formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».