The Genome of <i>Apera spica-venti</i>: A Major Grass Weed
Notice bibliographique
Résumé
Apera spica-venti (loose silky bent, or common windgrass) is a diploid grass-weed endemic to Europe and north Asia that has spread to the United States and Canada. This species has become a major grass weed in winter cereals, especially in eastern Europe mainly through the evolution of target site and nontarget site resistance mechanisms. The scientific community currently lacks genomic resources to understand herbicide resistance evolution in this plant and therefore resistance is hard to diagnose and treat. To remedy this, we generated two reference haplome assemblies through phased genome assembly. Haplome 1 consists of 37 scaffolds with a total length of 4.06 Gbp and an N50 of 206.5 Mbp, while haplome 2 resulted in 34 scaffolds with a total length of 3.99 Gbp and an N50 of 270.1 Mbp. Both haplomes represent over 87% of the flow cytometry estimated genome size of 4.622 Gbp per 1C. Gene annotation was performed via a modified Maker pipeline resulting in 44,208 and 43,844 genes for haplomes 1 and 2, respectively, and capturing 90% of BUSCO annotated transcripts. Repeat analysis identified greater than 800,000 transposon elements spanning 2.3 Gbp of the genome and an average distance between genes of over 90 kbp. This reference genome addresses the lack of genomic resources and aims to better understand basic weed biology, ecology, and herbicide resistance evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».