Dominant Negative PTEN Alterations in Endometrial Carcinoma Are Associated With Retained Immunohistochemical PTEN Expression
Notice bibliographique
Résumé
PTEN immunohistochemistry (IHC) is considered complimentary for assessment of PTEN abnormality in endometrial carcinoma (EC), since PTEN IHC staining pattern does not entirely correlate with the presence and absence of mutations on sequencing. A set of functionally defective PTEN variants with stable protein levels are known to act in a dominant-negative manner to suppress wild-type PTEN activity. Our objective was to evaluate PTEN IHC patterns in ECs with dominant-negative (DN) PTEN mutations. ECs with next-generation sequencing (NGS, using Oncomine Comprehensive Assay v3) over a 3-year period were enrolled. PTEN IHC was scored as loss, subclonal loss, reduced, and intact (the last 3 considered retained). Of 182 EC cases, 114 (62.6%) were identified to have PTEN mutation(s), the majority of endometrioid histotype (87.7%) from all EC molecular classes. Forty-seven cases (41.2%) harbored DN mutations which were of endometrioid (FIGO 1 [n=15, 31.9%], FIGO 2 [n=23, 48.9%], FIGO 3 [n=3, 6.4%]), dedifferentiated (n=2, 4%), carcinosarcoma (n=3, 6%), mixed endometrioid and clear cell carcinoma (n=1, 2%) histotype; with representatives from all molecular classes. PTEN IHC showed retained expression in 95.8% (45/47) of DN-mutated cases (intact staining in 36 [76.6%], reduced staining in 6 [12.5%], and subclonal loss in 3 [6.4%]) cases. Two cases showed loss of expression (4.2%). In the PTEN wild-type group, loss and subclonal loss of expression were seen in 12.5% and 9.4%, respectively. Our results indicate that DN PTEN mutations are common in EC, and are associated with retained IHC staining (intact, reduced, or subclonal loss). These results highlight that IHC and NGS are both required in capturing the full spectrum of PTEN-abnormal EC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».