Discovery and Genomic Characterisation of Novel Papillomaviruses in Australian Wild Birds
Notice bibliographique
Résumé
Papillomaviruses are small, circular DNA viruses that infect epithelial and mucosal cells, which have co-evolved with their hosts over time. While certain mammalian papillomaviruses—especially those linked to disease—are well studied, there is limited knowledge about papillomaviruses associated with avian species. In this study, we identified two avian papillomaviruses from eye/choana swabs of the sacred kingfisher (Todiramphus sanctus) and the little corella (Cacatua sanguinea), collected in Queensland, Australia. The genomes of these viruses, designated as todiramphus sanctus papillomavirus 1 (TsPV1) and cacatua sanguinea papillomavirus 1 (CsPV1), were found to be 7883 and 7825 base pairs in length, respectively. The TsPV1 and CsPV1 genomes exhibited the highest nucleotide sequence identity (>56%) with papillomavirus genomes previously sequenced from mallards or wild ducks in the United States, followed by those from black-legged kittiwakes and Atlantic puffins (>54%) in Newfoundland, Canada. Both TsPV1 and CsPV1 share approximately a 65% nucleotide sequence identity in the L1 gene with anas platyrhynchos papillomavirus 3 (AplaPV3), indicating that they represent novel avian papillomaviruses. Notably, the two genomes in this study were nearly identical (99.69%), and their L1 proteins shared 100% sequence identity. Phylogenetic analysis positioned TsPV1 and CsPV1 within a clade of avian papillomaviruses associated with closely related avian hosts, including the mallard, African grey parrot, common chaffinch, and Atlantic canary. These findings underscore the importance of further research on studying additional Australian bird species longitudinally, which will help to establish potential disease associations and ecological impacts of previously unrecognised and novel papillomaviruses in Australian wild birds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».