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Enregistrement W4410622509 · doi:10.12688/wellcomeopenres.24165.1

The chromosomal genome sequence of the fragile freshwater sponge, Eunapius fragilis (Leidy, 1851) and its associated microbial metagenome sequences

2025· preprint· en· W4410622509 sur OpenAlexaff
Sally P. Leys, Ute Hentschel, Cole Easson, Damon Stimson, Jose V. Lopez, Graeme Oatley, Elizabeth Sinclair, Eerik Aunin, Noah Gettle, Camilla Santos, Michael Paulini, Haoyu Niu, Victoria McKenna, Richard L. O’Brien

Notice bibliographique

RevueWellcome Open Research · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesWellcome TrustGordon and Betty Moore Foundation
Mots-clésMetagenomicsBiologySpongeWhole genome sequencingGenomeComputational biologyEvolutionary biologyEcologyGeneticsGeneBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<ns3:p> We present a genome assembly from a specimen of <ns3:italic>Eunapius fragilis</ns3:italic> (fragile freshwater sponge; Porifera; Demospongiae; Spongillida; Spongillidae). The genome sequence has a total length of 218.91 megabases. Most of the assembly (99.98%) is scaffolded into 23 chromosomal pseudomolecules. The mitochondrial genome has also been assembled and is 28.5 kilobases in length. Gene annotation of this assembly on Ensembl identified 26,614 protein-coding genes. Additionally, eight high-quality bacterial metagenomes belonging to the <ns3:italic>Bacteroidota</ns3:italic> and <ns3:italic>Pseudomonadota</ns3:italic> phyla were assembled. </ns3:p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Science ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,637
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0040,014
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,083
Tête enseignante GPT0,347
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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