Conservation genetics of the threatened wetland plant Eriocaulon nudicuspe: application of GRAS-Di sequencing technology and implications for restoration
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Eriocaulon nudicuspe is a threatened plant species distributed at discrete seepage wetlands in Central Honshu, Japan. These wetlands have been present over a million years and functioned as refugia during the glacial periods. The species is an endemic of the wetland ecosystems, but its natural habitats are fragmented by land development. We aimed to identify the genetic structure and diversity of E. nudicuspe and to assess the implications for conservation. We performed Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct (GRAS-Di) and selected 2349 SNPs that were genotyped in 102 individuals from 14 natural and 2 human-established populations. Genetic population structure analyses identified four genetic groups: eastern, northern central, southern central, and western. Demographic modelling suggested that first three groups (eastern, central, and western) simultaneously diverged in prehistoric times, followed by the central group diverging into northern and southern groups. Observed heterozygosity was lower in the populations at the edge of the species’ distribution than in the others, probably due to foundation effects associated with the limitation of suitable habitats. The human-established populations had similar genetic diversity and composition to those of the geographically closest natural populations, indicating a low risk of outbreeding depression or genetic bottleneck. We propose four major conservation units, which can be useful for the development of strategies for ex-situ conservation and genetic management of restoration. Although conservation of remnant natural populations should be prioritized, establishing new populations with adequate genetic management seems an effective option to restore connectivity between wetlands isolated by urbanization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».