Transcriptomic Analyses of Ovarian Clear Cell Carcinoma Spheroids Reveal Distinct Proliferative Phenotypes and Therapeutic Vulnerabilities
Notice bibliographique
Résumé
Cancer cell spheroids autonomously form in the ascites fluid and are considered a conduit for epithelial ovarian cancer metastasis within the peritoneal cavity. Spheroids are homotypic, avascular 3D structures that acquire resistance to anoikis to remain viable after cellular detachment. We used in vitro spheroid model systems to interrogate pathways critical for spheroid cell proliferation, distinct from those driving monolayer cancer cell proliferation. Using the 105C and KOC-7c human ovarian clear cell carcinoma (OCCC) cell lines, which have distinct proliferative phenotypes as spheroids but the same prototypical OCCC gene mutation profile of constitutively activated AKT signaling with the loss of ARID1A, we revealed therapeutic targets that efficiently kill cells in spheroids. RNA-seq analyses compared the transcriptome of 3-day monolayer and spheroid cells from these lines and identified the characteristics of dormant spheroid cell survival, which included the G2/M checkpoint, autophagy, and other stress pathways induced in 105C spheroids, in sharp contrast to the proliferating spheroid cells of the KOC-7c cell line. Next, we assessed levels of various G2/M checkpoint regulators and found a consistent reduction in steady-state levels of checkpoint regulators in dormant spheroid cells, but not proliferative spheroids. Our studies showed that proliferative spheroid cells were sensitive to Wee1 inhibition by AZD1775, but the dormant spheroid cells showed a degree of resistance to AZD1775, both in terms of EC50 values and spheroid reattachment abilities. Thus, we identified biomarkers of dormant spheroids, including the G2/M checkpoint regulators Wee1, Cdc25c, and PLK1, and showed that, when compared to proliferating spheroid cells, the transcriptome of dormant OCCC spheroids is a source of therapeutic targets.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».