The Spread of Endogenous Retroviruses in Populations Infected by Exogenous Viruses
Notice bibliographique
Résumé
Retroviruses insert DNA copies of themselves into the chromosomes of their hosts forming proviruses that can synthesize new transmissible viruses. Exogenous retroviruses (XRVs) insert into the DNA of somatic cells and are transmitted infectiously. Endogenous retroviruses (ERVs) become inserted in the DNA of germline cells and are transmitted genetically. ERVs can spread through the genome by transposition. ERVs originate from an initial copy of an XRV inserted into the genome of an organism infected by the XRV. Many XRVs are transmitted maternally as well as horizontally; therefore, we consider the effect of maternal transmission on the evolution of virulence of an XRV. Our model shows that the XRV either evolves high virulence with low maternal transmission, or vice versa. We then consider the spread of ERV genes in conjunction with the infectious spread of an XRV. Beginning from a single copy of an ERV, we calculate the probability that it spreads to fixation (i.e., the state where all individuals contain ERV genes). This depends on its virulence and transposition rate. If the XRV is present, the fixation probability also depends on the virulence of the XRV and whether the ERV provides resistance to the XRV. An ERV with only a small deleterious effect on host fitness has a high fixation probability, particularly if it provides resistance to the XRV. We also show that, if an ERV does not spread to fixation, it can still cause elimination of the XRV, with the end result that the population is cleared of both XRV and ERV.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».