Coriander borne <i>Salmonella</i> superbug: genomic assessments of chromosomal and plasmid-associated resistance, virulence and MGEs of XDR <i>Salmonella</i> enterica Typhi NH1
Notice bibliographique
Résumé
The drug-resistant strains of Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi) are serious threats to health sectors worldwide. This study focuses on genomic characterization of environmentally derived an extensively drug resistant (XDR) strain of Salmonella Typhi, highlighting its potential to cause significant outbreak. The XDR strain (labeled as NH1) was isolated from fresh coriander, and characterized through whole-genome sequencing to investigate its lineage diversity, niche adaptation, sources and resistant mechanism. The NH1 strain exhibits phylogenomic association with clinical lineages S. Typhi NCTC8385 and ASM3025476. Its genome, assembled in 67 contigs, exhibited expected coverage and GC content, harboring a mega-plasmid, virulence factors, and intrinsic and extrinsic antimicrobial resistance genes. Plasmid annotation revealed IncQ1 and IncY plasmids responsible for the acquired resistance. SPIFinder identified SPI1–10 pathogenicity islands, and the CRISPR-Cas locus, associated with bacterial defense, bile salt resistance and biofilm formation, was present. NH1 strain also possesses numerous mobile elements (proteins and transposases), 12 prophages, and secretion systems (types I-IV, VI), aiding its survival in environment like vegetables. The genomic characterization of S. Typhi NH1 highlights the emergence of coriander-borne XDR strain, underscoring the need for targeted prevention to mitigate its public health impact.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».