Strategies for generating soluble and monomeric samples of Ycf1p NBD2
Notice bibliographique
Résumé
The yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that is located in the vacuolar membrane and is responsible for transporting glutathione-conjugated metals from the cytoplasm into the vacuole. Ycf1p contains the ABC core structure of two transmembrane domains (TMD1, TMD2) and two nucleotide-binding domains (NBD1, NBD2). As a member of the C-subfamily of ABC proteins (ABCC), Ycf1p also contains an N-terminal extension comprised of an additional TMD (TMD0) and L0 linker. Although high-resolution structures of many ABC transporters have been determined, the NBDs can be at low resolution in cryo-EM maps. Thus, studies of the isolated cytosolic NBDs are crucial for obtaining molecular-level details of the dynamics of these catalytic entities, for example. In this study, we present a scheme for obtaining samples of NBD2 from the yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p) in a soluble, monomeric, and functional form. While production of NBD1 from Ycf1p and other ABC proteins has been accomplished, generating samples of NBD2 from different ABC proteins has been elusive for the most part, particularly for ABCC proteins. We show that NBD2 preparation necessitates minimizing dimerization and aggregation of the protein at multiple steps during the purification, which is accomplished by employing a solubility tag, eliminating nucleotides from the buffers, and limiting the duration of spin concentrating steps. This work lays the foundation for detailed studies of Ycf1p NBD2 and provides an outline for optimizing the generation of samples of NBD2 from other ABC proteins.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».