Comparative Genomics Reveals Intra and Inter Species Variation in the Pathogenic Fungus <i>Batrachochytrium dendrobatidis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The Global Panzootic Lineage (GPL) of Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) has been described as a main driver of amphibian extinctions. Pathogen studies have benefited from three Bd-GPL strain genomes, but identifying the genetic and molecular features that distinguish the B. dendrobatidis lineages requires additional high-quality genomes from diverse lineages. We sequenced and assembled genomes with Oxford Nanopore Technologies to produce assemblies of three Bd-BRAZIL isolates and one nonpathogen outgroup species Polyrhizophydium stewartii. The Bd-BRAZIL assembly sizes ranged between 22.0 and 26.1 Mb with 8,495 to 8,620 predicted protein-coding genes. We sought to categorize the pangenome of the species by identifying homologous genes across the sampled genomes as either being core and present in all strains, or accessory and shared among strains in a lineage, an analysis that has not yet been conducted on B. dendrobatidis and its lineages. We identified a core genome consisting of 6,278 gene families, and an accessory genome of 202 Bd-BRAZIL and 172 Bd-GPL specific gene families. We discovered copy number differences in pathogenicity gene families: M36 Peptidases, Crinkler Necrosis genes, Aspartyl Peptidases, Carbohydrate-Binding Module-18 genes, and S41 Proteases, between Bd-BRAZIL and Bd-GPL strains. Comparison of B. dendrobatidis and two closely related saprophytic species identified differences in protein sequence and domain counts for M36 and CBM18 families respectively. Our pangenome analysis of lineage-specific gene content led us to explore how the selection of the reference genome affects recovery of RNAseq transcripts when comparing different strains. We tested the hypothesis that genomic variation among Bd-GPL and Bd-BRAZIL lineages can impact transcript count data by comparing results with our new Bd-BRAZIL genomes as the reference genomes. Our analysis examines the genomic variation between strains in Bd-BRAZIL and Bd-GPL and offers insights into the application of these high-quality reference genomes resources for future studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».