The <scp>YEATS</scp> domain containing protein <scp>PyYEATS</scp> functions as a histone acetylation reader in the red seaweed <i>Pyropia yezoensis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Pyropia yezoensis, a key economic marine crop in Asia, serves as a model for red seaweed research. Previously, we determined that histone acetylation plays essential roles in the response to abiotic stresses and the formation of asexual spores in P. yezoensis. However, the reader proteins of acetylated histones remain to be identified. In this study, we characterized the gene encoding a YEATS domain-containing protein (PyYEATS) in P. yezoensis. The PyYEATS protein, mainly localized in nuclei with a small amount in cytosolic fractions in thalli, harbored a classic YEATS domain followed by a coiled-coil domain at the C-terminal. This locus exhibited conservation in domain structure compared with its homologs in other red algae and showed a closer relationship to animal GAS41 counterparts than plant YAFs. In vitro assays showed that the PyYEATS protein preferentially binds H3K14ac, H3K18ac, and H4K5ac and that the F105, W124, and F127 residues in the YEATS domain are essential for its affinity to these histone acetylation sites. Y2H and GST-pulldown approaches revealed an interaction of PyYEATS with S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase), eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3), and actin, among others, suggesting possible extra-transcriptional functions for PyYEATS. Finally, we observed that the transcript levels of this gene significantly increased after wounding in P. yezoensis thalli, pointing out a potential role in the P. yezoensis stress response. Our findings provide important insights into the evolution of chromatin readers of histone acetylation in red seaweeds and help to shed light on the biological function exerted by PyYEATS in this species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».