Identification of circulating human papillomavirus types through high-throughput sequencing of Canadian municipal and institutional wastewater samples
Notice bibliographique
Résumé
Human papillomaviruses (HPVs) are a diverse group of viruses that infect human mucosal and cutaneous tissues, with a ubiquitous global distribution. Several types are classified as high-risk due to their association with cervical, anal, penile, and oropharyngeal cancers. Given its widespread prevalence and the limitations of clinical surveillance, HPV is an ideal candidate for wastewater-based testing (WBT), as a way to characterize circulating HPV types. Toward this goal, we utilized high-throughput Illumina-based amplicon sequencing targeting the conserved GP5+/GP6+ sites of HPV in wastewater samples collected from two urban treatment plants, two town sites, and three correctional facilities. Larger population catchments displayed greater diversity of HPV types in wastewater compared to institutional settings, reflecting differences in community composition and exposure. A total of 24 distinct HPV types were detected, all belonging to the alpha-papillomavirus genus, encompassing high- and low-risk types, types of unknown risk, and both cutaneous and mucosal types. Among these were six vaccine-preventable types, including HPV-16 and HPV-18, as well as probably carcinogenic types not routinely monitored in clinical settings, such as HPV-67, HPV-69, and HPV-73. These findings demonstrate the utility of WBT as a complementary tool to clinical testing, providing critical insights to inform cancer prevention strategies and evaluate the impact of vaccination programs. IMPORTANCE: Human papillomavirus (HPV)-related cancers, including cervical, anal, penile, and oropharyngeal cancers, impose a significant economic burden on healthcare systems, with billions spent annually on treatment and management. This study reports the detection of HPV in Canadian wastewater, providing new insights into HPV circulation within communities. The findings highlight the ongoing prevalence of high-risk HPV types targeted by vaccines and the circulation of probable carcinogenic types, such as HPV-67, HPV-69, and HPV-73, which are not included in current clinical testing algorithms. Wastewater-based surveillance of HPV could complement clinical testing by capturing data on populations typically underrepresented in clinical settings. A clearer understanding of circulating HPV types can support public health efforts to promote cancer screening, monitor vaccination campaigns, and address gaps in prevention strategies. The continued development of wastewater-based testing systems hints toward a promising future for unbiased monitoring of community health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».