Genomics and Transcriptomics of 3ANX (NX-2) and NX (NX-3) Producing Isolates of Fusarium graminearum
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight (FHB) is an important fungal disease caused by Fusarium graminearum and other Fusarium spp., resulting in significant yield losses across cereal grains. Recently identified F. graminearum isolates in Canada, capable of producing type A trichothecene mycotoxins 3ANX (NX-2, 7-α hydroxy,15-deacetylcalonectrin) and NX (NX-3, 7-α hydroxy, 3,15-dideacetylcalonectrin), demonstrated high levels of genetic diversity. While recent studies have detected this genetic and chemical diversity, little is known of the underlying molecular mechanisms and processes influenced by these distinct chemotypes and regional populations. In the current study, we used an -omics approach coupled with high-resolution mass spectrometry to characterize twenty F. graminearum isolates collected from five distinct regions across Manitoba. These data identified regional F. graminearum populations within Manitoba that demonstrate distinct genomic variation and patterns of gene expression, particularly within pathogenicity-associated processes. Further, we identified genetic variation and differential expression between isolates showing high and low levels of pathogenicity, allowing for the identification of previously characterized and novel putative pathogenicity factors. Lastly, we detected the production of 3ANX and/or NX mycotoxins within the majority of our twenty characterized F. graminearum isolates, suggesting the 3ANX chemotype may be more prevalent than previously expected in Canada. Ultimately, these findings highlight the diversity of F. graminearum across Manitoba and, more importantly, uncover specific genomic regions and candidate pathogenicity factors influenced by this diversity.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».