Genome-wide long non-coding RNA expression profile and its regulatory role in the ileocecal valve from Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis-infected cattle
Notice bibliographique
Résumé
Bovine paratuberculosis (PTB) is a chronic enteritis caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), which results in significant economic losses to the dairy industry worldwide. Long non-coding RNAs (lncRNAs) play a crucial role in regulating the host immune response due to their interaction with transcripts in proximity. However, their annotation in cattle remains limited, and their role in cattle naturally infected with MAP has not been fully explored. In this study, lncRNAs were identified in the transcriptome of ileocecal valve samples from control cows without lesions ( N = 4) and with PTB-associated focal ( N = 5) and diffuse ( N = 5) lesions in intestinal tissues using RNA sequencing. The raw reads were uploaded into the CLC Bio Genomics Workbench, and the trimmed reads were mapped to the Bos taurus ARS_UCD1.2.109 reference genome using the Large Gap Read Mapping tool. The resulting annotation allowed the identification of 1,434 LncRNAs, 899 of which were novel, using the FlExible Extraction of LncRNA pipeline. LncRNA differential expression (DE) analysis performed with DESeq2 allowed the identification of 1, 6, and 2 DE lncRNAs in the comparisons of cows with focal lesions versus ( vs ) controls, diffuse lesions vs. controls, and diffuse vs. focal lesions, respectively. Best lncRNA partner analysis identified expression correlations between the lncRNA1086.1 , lncRNA ENSBTAG00000050406 , and lncRNA_2340.1 , and the Inactive Phosphatidylinositol 3-Phosphatase 9 ( MTMR9 ), GM Domain Family member B (RGMB), and the homeobox A6 ( HOXA6 ), respectively. The MTMR9 negatively regulates apoptosis, the RGMB positively regulates IL-6 expression, and the HOXA6 regulates cell differentiation and inflammation. The results of the quantitative trait locus (QTL) enrichment analysis showed that the DE lncRNAs were located in genomic regions previously associated with clinical mastitis, HDL cholesterol, bovine tuberculosis, paratuberculosis, and bovine leukosis susceptibility. The identified DE lncRNAs could allow the development of novel PTB diagnostic tools and have potential applications in breeding strategies for PTB-resistant cattle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».