Monkeypox Virus Transcriptional Profiles and Host Responses in Skin Lesion Swabs Among Individuals With Human Immunodeficiency Virus
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Mpox disease, caused by the monkeypox virus (MPXV), remains a global health concern with nearly half of all cases occurring among individuals with human immunodeficiency virus (HIV). While recent studies have advanced our understanding of poxvirus pathogenesis, the molecular effects of mpox and HIV coinfection are still poorly understood. This study uses dual RNA sequencing (RNA-seq) to characterize host and viral gene expression in skin lesion swabs from people with mpox, including individuals with and without HIV. METHODS: Our cohort included 19 participants with confirmed MPXV infection, with 53 total skin lesion swabs collected during the early (7-13 days post-symptom onset) and late (15-21 days post-symptom onset) stages of mpox disease. RNA-seq was used to assess both host and MPXV gene expression over time in participants with and without HIV. RESULTS: HIV-positive participants showed upregulation of MPXV genes involved in immune evasion and viral replication. Conversely, host immune pathways, such as interferon signaling, apoptosis, and chemokine recruitment, were downregulated in participants with HIV. Pathway enrichment analysis revealed dysregulated immune signaling and autophagy, key processes for viral clearance. These findings suggest that HIV-related immunosuppression may enhance MPXV replication and prolong disease. CONCLUSIONS: This study highlights the use of dual RNA-seq in uncovering molecular interactions between host and virus during mpox infections. Our findings offer insights into how HIV coinfection may alter MPXV pathogenesis, with implications for treatment strategies and disease management in immunocompromised populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».