Aspergillus fumigatus isolated from diverse wildfowl exhibit distinct antifungal susceptibility profiles driven by genetic and non-genetic determinants
Notice bibliographique
Résumé
Invasive aspergillosis (IA) is a fungal infection caused by Aspergillus species affecting humans and animals, including birds. Such infections have severe impacts on host health, with the efficacy of current treatment options dwindling against rising rates of antifungal resistance. This scenario represents a critical One Health challenge influenced by climate change at the intersection of animal, human, and environmental health. In this study, we isolated and identified four fungal isolates from infected wildfowl in Southern Ontario, Canada, as Aspergillus fumigatus. Antifungal susceptibility assays against amphotericin B, itraconazole, voriconazole and terbinafine were performed following the Clinical and Laboratory Standards Institute guidelines for filamentous fungi. All strains displayed similar sensitivity to amphotericin B and itraconazole, whereas differences were observed in the response to voriconazole and terbinafine. Next, we performed whole genome sequencing integrated with a comparative genomic analysis to define differences across isolates potentially influencing antifungal susceptibility. As expected, the isolates were phylogenetically similar but demonstrated distinct clustering with A. fumigatus isolate AfB6 mapping closely with the ATCC reference strain compared to the other isolates (i.e., AfB2, AfB8, and AfB7). Notably, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected across the strains with some correlation between SNPs in antifungal resistance-associated genes and susceptibility profiles; however, antifungal tolerance towards terbinafine was not directly correlated with genetic factors. These data suggest that A. fumigatus isolated from wildfowl with lethal infections from Southern Ontario, Canada, have varying levels of susceptibility to known antifungals and that drivers beyond the anticipated genetic factors influence antifungal response.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».