Parentage assignment in black soldier fly (Hermetia illucens) using genotyping-by-sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Genetic selection to optimize economically important traits in black soldier flies (BSF), a major species in the insects as food and feed industry, continues to gain interest. Tracking pedigrees is a prerequisite for generating genetic progress while conserving the genetic variability of traits under selection. However, this is not currently feasible in mass reared insects like BSF. As an alternative, this study identified SNPs informative for parentage assignment (PA) in a commercial and laboratory colony of BSF using genotyping-by-sequencing (GBS). We first established an experimental population of 12 BSF families per colony by randomly mating flies within each family over three generations. DNA was then sequenced from mated pairs and two larvae per pair per generation (n = 288 samples). After SNP calling and filtering, we generated four high-quality SNP subsets containing 192, 118, 72, and 51 SNPs, respectively. PA was conducted using a likelihood-based method across simulated inbreeding rates from 0% to 100%. Compared to known parents, PA accuracy reached 100% across all SNP subsets and inbreeding rates. However, assignment confidence as measured by the log-likelihood (LOD) score decreased significantly as the number of SNPs decreased, though inbreeding had no significant effect on LOD scores. High-confidence assignments to either male or female parents required all 192 SNPs, whereas high-confidence assignments to parent pairs were possible with 118 or 192 SNPs. The identified SNPs provide a valuable resource for developing low-density panels to implement pedigree-based selection and to manage genetic diversity, thereby supporting the development of breeding programs in BSF.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».