eLife Assessment: Human eIF2A has a minimal role in translation initiation and in uORF-mediated translational control in HeLa cells
Notice bibliographique
Résumé
Initiation of translation on eukaryotic mRNAs requires a 40S ribosome loaded with an initiator tRNA in order to scan for, and to identify, an initiation codon. Under most conditions, the initiator tRNA is recruited to the ribosome as part of a ternary complex composed of initiator tRNA, eIF2 and GTP. Although this function of recruiting the initiator tRNA was originally ascribed to another factor, eIF2A, it was later disproven and shown to belong to eIF2. Nonetheless, eIF2A is still considered a translation initiation factor because it binds the ribosome and shows genetic interactions with other initiation factors such as eIF4E. The exact function of eIF2A during translation initiation, however, remains unclear. Here we systematically test in HeLa cells, using ribosome profiling and luciferase reporter assays, the role of eIF2A in translation initiation, including translation of upstream ORFs that are either initiated with a AUG or near-cognate codons. Since eIF2A is thought to take over the function of eIF2 when eIF2 is inhibited, we also test conditions where the integrated stress response is activated, thereby leading to eIF2 inactivation. In none of our assays, however, could we detect a role of eIF2A in translation initiation. It is possible that eIF2A plays a role in translation regulation in specific conditions that we have not tested here, or that it plays a role in a different aspect of RNA biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,025 | 0,016 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».