Host traits and environmental variation shape gut microbiota diversity in wild threespine stickleback
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Despite the growing recognition of the importance of gut microbiota in host ecology and evolution, our understanding of the relative contributions of host-associated and environmental factors shaping gut microbiota composition within and across wild populations remains limited. Here, we investigate how host morphology, sex, genetic divergence, and environmental characteristics influence the gut microbiota of threespine stickleback fish populations from 20 lakes on Vancouver Island, Canada. RESULTS: Our findings reveal substantial variation in gut microbiota composition and diversity among populations, with host traits exerting a relatively stronger influence on bacterial alpha diversity than environmental characteristics. Previous studies have suggested a link between stickleback body shape and niche specialization, and our results indicate that aspects of host morphology may be associated with gut microbiota divergence among populations, though whether this is related to trophic ecology remains to be explored. Within and across populations, we only observed a weakly defined core microbiota and limited sharing of amplicon sequence variants (ASVs) among hosts, indicating that gut microbiota composition is individualized. Additionally, we detected sex-dependent differences in microbial diversity, opening avenues for future research into the mechanisms driving this variation. CONCLUSIONS: In sum, our study emphasizes the need to consider both host-associated and environmental factors in shaping gut microbiota dynamics and highlights the complex interplay between host organisms, their associated microbial communities, and the environment in natural settings. Ultimately, these insights add to our understanding of the eco-evolutionary implications of host-microbiota interactions while underscoring the need for further investigation into the underlying mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».