Genomic insights into wheatgrass: unravelling genetic diversity, population structure, and evolutionary dynamics in Pseudoroegneria species
Notice bibliographique
Résumé
Pseudoroegneria species are outcrossing perennial grasses with significant ecological and agricultural value due to its resilience in challenging environmental conditions in the temperate regions. Understanding the extent and pattern of genetic diversity and population structure is essential for the breeding improvement and conservation of these species. In the current research, we analyzed genomic variations of 145 genotypes representing seven species (P. spicata, P. tauri, P. geniculata, P. libanotica, P. strigosa, P. stipifolia, and P. cognata) from major global lineages, using genotyping-by-sequencing. Different metrics including nucleotide diversity, observed heterozygosity, and Tajima's D were used to evaluate genetic diversity among populations revealing significant variation among species, with P. stipifolia exhibiting the highest diversity and P. spicata the lowest. Population structure analyses, including principal component analysis, admixture inference, and phylogenetic reconstruction, identified six distinct genetic clusters, with P. spicata (a North American species) clearly separated from the other six species underscoring its unique genetic identity. In contrast, the Eurasian species exhibit mixed ancestry, indicating intricate genetic relationships and widespread exchange of genetic material. Furthermore, no single species tree fully captures the relationships among them, implying interactions such as hybridization or gene flows between closely related species. To investigate the evolutionary history of Eurasian Pseudoroegneria species, we reconstructed the species tree topology based on the SNV (single nucleotide variants) matrix, and f-branch statistics confirmed close relationships among P. spicata, P. libanotica, and P. tauri, with evidence of unidirectional gene flow between P. stipifolia, P. geniculata, and P. strigosa. These findings highlight the importance of high genetic variation in the P. stipifolia population, suggesting its potential to be a reservoir of valuable alleles for resilient genotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».