Mitochondrio - a Unity platform-based simulation of mitochondrial network dynamics
Notice bibliographique
Résumé
Mitochondria can take on a wide range of forms, from spherical/ovoid structures to tubules to highly interconnected networks. In many cell types, mitochondria are highly malleable, capable of continually undergoing fusion and/or fission to form larger or smaller structures, respectively. In addition, mitochondria are motile, trafficked along the cytoskeleton by molecular motors to reach distant parts of the cell and then return. Computational biology can be usefully applied to understanding dynamical systems, sometimes revealing underlying relationships that are not otherwise apparent. For this purpose we developed Mitochondrio, an application that simulates mitochondrial network dynamics in a single cell. Mitochondrio is programmed in Unity, a platform specializing in creating 3D games. The application presents the user with an interface allowing them to enter parameter values for the following mitochondrial characteristics: starting density, fusion probability, fission probability, and speed. The user also defines a starting cytoskeleton, as mitochondria are tethered in silico to this cytoskeleton. When a simulation is then initiated, Mitochondrio will run continually under the specific parameters and eventually reach a steady state that can be analyzed by other platforms like MiNA. Here we will describe the development of Mitochondrio and its use to gain insight into mitochondrial dynamics that can inform experimental work. Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada This abstract was presented at the American Physiology Summit 2025 and is only available in HTML format. There is no downloadable file or PDF version. The Physiology editorial board was not involved in the peer review process.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».