Evolution and Organisation of <scp>MHC II</scp> Genes in Harbour Porpoises: Insights From Long‐Read Cetacean Genome Assemblies, Whole Genome Re‐Sequencing and Locus‐Specific Genotyping
Notice bibliographique
Résumé
The Major Histocompatibility Complex (MHC) is a central element in the vertebrate immune system. While MHC genes are a common target of conservation genomic studies, it has been challenging to reliably amplify locus-specific alleles, which is especially problematic when studying endangered lineages, like some harbour porpoise (Phocoena phocoena) populations and subspecies. Here, we manually annotated all MHC II genes in the harbour porpoise genome and genotyped every exon 2 in 47 individuals (94 individuals for DRB1 and DQB genes) spanning six geographical regions, including the endangered Black Sea porpoise subspecies (Phocoena phocoena relicta) and the critically endangered Baltic proper population of the North Atlantic subspecies (P. p. phocoena). We performed gene-wise analyses of diversity and selection and put the results into perspective with 22 available harbour porpoise genomes. Furthermore, we characterised all MHC II genes in 19 available long-read genomes of cetaceans and terrestrial outgroups to study the MHC II evolution across the cetacean diversification. From the 10 MHC II loci annotated in the harbour porpoise genome, two (DRB1 and DQB) exhibited inflated allelic diversity and signatures of positive selection. Interestingly, DRB genes followed different evolutionary trajectories in mysticetes and odontocetes. Our results have significant conservation implications since we identified reduced MHC II diversity in the endangered Black Sea subspecies and provide a case study for reliable MHC II genotyping in other species. Further, our study demonstrates the need for long-read genomes to understand the genomic architecture of MHC and to accurately assess its diversity and evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».