Pathway-Specific Polygenic Scores for Predicting Clinical Lithium Treatment Response in Patients With Bipolar Disorder
Notice bibliographique
Résumé
Background Polygenic scores (PGSs) hold the potential to identify patients who respond favourably to specific psychiatric treatments. However, their biological interpretation remains unclear. In this study, we developed pathway-specific PGSs (PS PGS ) for lithium response and assessed their association with clinical lithium response in patients with bipolar disorder. Methods Using sets of genes involved in pathways affected by lithium, we developed nine PS PGSs and evaluated their associations with lithium response in the International Consortium on Lithium Genetics (ConLi + Gen: N=2367), validated in combined PsyCourse (N=105) and BipoLife (N=102) cohorts. The association between each PS PGS and lithium response — defined both as a continuous ALDA score and a categorical outcome (good vs poor responses) — was evaluated using regression models, adjusted for confounders. A significant association was determined after multiple testing correction at p<0.05. Results The PGS for acetylcholine, GABA and mitochondria were associated with response to lithium both in categorical and continuous outcomes. However, the PGS for calcium channel, circadian rhythm and GSK were associated only with the continuous outcome. Each score explained 0.29%–1.91% of variance in categorical and 0.30–1.54% in continuous outcomes. A multivariate modelling combining PS PGS that showed significant associations in the univariate analysis (combined PS PGS ), has increased the R 2 to 3.71% (categorical) and 3.18% (continuous) outcomes. Associations for PGSs for GABA and circadian rhythm were replicated. Patients with the highest genetic loading (10 th decile) for acetylcholine variants were 3.03 times more likely (95%CI: 1.95– 4.69) to show a good lithium response (categorical outcome) than those in the lowest (1 st decile). Conclusion PS PGSs achieved predictive performance comparable to the conventional genome-wide PGSs, with the added advantage of biological interpretability using a smaller list of genetic variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».