Reviewer #1 (Public review): FMRP Regulates Neuronal RNA Granules Containing Stalled Ribosomes, Not Where Ribosomes Stall
Notice bibliographique
Résumé
Local protein synthesis is a crucial process that maintains synaptic proteostasis. A large percentage of mRNAs translated in developing neurons are associated with stalled ribosomes. FMRP, the protein lost in Fragile X syndrome, is highly enriched in RNA granules that contain stalled ribosomes. Previous examination of ribosome protected fragments (RPFs) from stalled neuronal ribosomes has identified motifs that match those found in mRNAs associated with FMRP, as recognized by FMRP cross-linking immunoprecipitation (CLIP) (, Journal of Neuroscience doi: 10.1523/JNEUROSCI.1002-22.2023). To investigate whether FMRP recognition of these sequences is important for determining where ribosomes are stalled on mRNAs, we examined stalled ribosomes RPFs isolated from P5 mice of both sexes lacking the FMRP protein. We found that the loss of FMRP had no effect on the proteins associated with neuronal stalled ribosomes, the structure of the ribosomes, or the stalling sites (locations where RPFs accumulated). However, we observed a significant decrease in the levelsof mRNAs previously shown to be associated with FMRP by CLIP in stalled ribosomes. Additionally, the number of neuronal RNA granules containing stalled ribosomes, as assayed by ribopuromycylation in distal neurites, decreased. Unlike neuronal RNA granules in WT neurons, the remaining distal neuronal RNA granules were resistant to reactivation. These results highlight important roles of FMRP in regulating neuronal RNA granules that contain stalled ribosomes, though it does not influence where ribosomes are stalled and is not directly involved in stalled ribosome formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,024 | 0,124 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,007 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,024 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,085 | 0,047 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».