Metabarcoding Reveals a Potentially Undescribed Columnaris‐Causing Bacterium in Peracute Skin Disease of Rainbow Trout ( <scp> <i>Oncorhynchus mykiss</i> </scp> , Walbaum)
Notice bibliographique
Résumé
Columnaris-causing bacteria (CCB) represent a group of four Flavobacterium species, previously classified under Flavobacterium columnaris, causing a threatening condition in salmonid farming characterised by cutaneous and gill lesions, commonly referred to as 'saddleback disease'. A peracute skin disease outbreak with high mortality in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) farms in Northern Italy was investigated. The disease presented with skin discoloration and scale lifting without internal organ abnormalities, leading to a weekly cumulative mortality of up to 80%. The disease was successfully managed with Oxytetracycline treatment, with no relapses observed. Conventional investigation methods produced inconsistent results, prompting additional analyses. Metagenomic sequencing of the 16S rRNA identified Flavobacterium species differing from the classical CCB based on the alignment of the V3 and V4 regions, with best matches to Flavobacterium bernardetii, Flavobacterium aquicola, and Flavobacterium hiemivividum. Histopathology and SEM confirmed epidermal necrosis and bacterial infiltration in the dermis, with filamentous bacteria resembling Flavobacterium morphology yet differing from classical CCB lesions. These findings point to a previously undescribed Flavobacterium-related skin disease with significant economic implications, supporting the value of metagenomic in investigating microbial dynamics in aquaculture diseases, especially in sites exposed to external environments. Further research is required to clarify the pathogenic mechanisms and guide effective management strategies for future outbreaks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».