Gene expression landscape of the <i>Brassica napus</i> seed reveals subgenome bias in both space and time
Notice bibliographique
Résumé
Brassica napus (canola; AnAnCnCn) contains both complete diploid genomes from its progenitors Brassica rapa (An) and Brassica oleracea (Cn). Despite growing knowledge of the gene expression landscape of the B. napus seed, little is known about subgenome bias underpinning the development of specific cells and tissues across the seed lifecycle. Here, we present a large-scale transcriptome atlas of the B. napus seed, including both the maternal seed coat and filial embryo and endosperm subregions. We report on extensive, global Cn subgenome bias throughout development and use homoeologous gene pairs to describe how subgenomic bias differs across subregions. We find that subgenome bias is most prominent during early development and that the maternal subregions experience far more asymmetric transcript accumulation in favor of the Cn subgenome. In particular, the unexpectedly distinct transcriptome profile of the chalazal pole indicates the unique developmental processes involved within the chalaza. Furthermore, we report that genes integral to seed storage comprise a large portion of the transcriptome of mature seeds, especially within the embryo, and that gene pairs previously documented to be instrumental in seed development exhibit low transcriptional bias. This work represents an important synthesis of polyploid transcriptomics in seed biology and provides a comprehensive overview of the B. napus gene expression landscape in both space and time.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».