Biomonitoring 2.0 Refined: observing local change through metaphylogeography using a community-based eDNA metabarcoding monitoring network
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Biological data at different levels of organization is essential to support actions to mitigate the current biodiversity crisis. DNA metabarcoding is an established method to detect species/genus level taxa from bulk samples leading the way for a Biomonitoring 2.0 framework. Biomonitoring 2.0 Refined adds another dimension to Biomonitoring 2.0-high-throughput, scalable DNA metabarcoding with a higher resolution at the intraspecific level. Intraspecific diversity is key to understanding the distribution and movement of local populations for conservation efforts. Gaining reliable intraspecific information from metabarcoding data, however, is challenging due to qualitative/quantitative issues that can impact validity of the inference. RESULTS: Samples collected for the STREAM community-based monitoring project were used to perform an intraspecific genetic variation analysis on benthic arthropods. We targeted two non-overlapping cytochrome c oxidase subunit 1 mitochondrial DNA amplicons to assess the reproducibility of our results. Samples from the Rocky Mountains were grouped into four regions separated by mountain ranges. Significant separation (PERMANOVA, p value < 0.05) of Sørensen dissimilarity between regions was observed for community and intraspecific levels, fitting the expectation that mountains are barriers to dispersal. Two of the regions showed significant spatial structuring (Mantel test, p value < 0.05) at the intraspecific level, while all regions showed significant structuring at the community level. Results were consistent across both amplicons. CONCLUSIONS: We show that DNA metabarcoding is applicable to intraspecific diversity analysis and it is robust to different amplicons. This paves the way for Biomonitoring 2.0 Refined, which can provide much needed fine-scale biodiversity data for ecological assessments and conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».