De novo Genome Assembly and Annotation of 12 Fungi Associated with Fruit Tree Decline Syndrome in ON, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Apple and stone fruit trees are vital components of Ontario's agricultural landscape. However, since 2016, these trees have been facing alarming mortality rates, exhibiting symptoms collectively referred to as Fruit Tree Decline (FTD) and Rapid Apple Decline (RAD). Despite its widespread occurrence, the exact cause of FTD and RAD remains elusive, with various pathogenic fungi and viruses implicated, along with abiotic stressors such as drought, winter injury and nutrient deficiency. In this study, we sequenced, assembled and annotated the genomes of 12 fungi associated with FTD and RAD syndromes in Ontario, Canada. We present the first and only publicly available assemblies for three ascomycete species including Diplodia intermedia, Diatrype stigma, and Nothophoma quercina. Additionally, we present high-quality reference genome sequences for Diplodia seriata, Didymella pomorum and Neofusicoccum ribis. These genomic resources are valuable for understanding the molecular mechanisms behind FTD and RAD, and for developing strategies for disease prevention and management in fruit trees.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».