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Enregistrement W4411916653 · doi:10.1101/2025.06.30.662393

The role and effects of the phage T4 Ac protein on infection

2025· preprint· en· W4411916653 sur OpenAlexafffund
Ana Santamaría, Steven N. Rosvold, Fabini D. Orata, Anastasia Elias, Dominic Sauvageau

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAlberta InnovatesAlberta Agriculture and Forestry
Mots-clésVirologyMicrobiologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The ac gene from T4 and T4-like phages is associated with susceptibility to acriflavine, an acridine that intercalates with DNA, disrupting replication and transcription. While this interference has been shown to inhibit phage replication – resulting in reduced frequency of infection and viral titer at the population level – and mutation or knockout of the ac gene renders the phage resistant to acriflavine, the role of the ac gene product, Ac, has not yet been elucidated. This study aims to further explore the role of the ac gene in phage infection by expressing it in Escherichia coli and evaluating its effects on the host under varying growth conditions and during phage infection, both in the presence and absence of acriflavine. E. coli induced to express the ac gene from phage T4 showed an increased susceptibility to acriflavine compared to the same strain not undergoing expression (non-induced) or not carrying the ac expression plasmid (empty). Moreover, in the presence of acriflavine, the parental phage T4 was not able to infect the host variants (induced, non-induced and empty), suggesting the Ac protein is involved in a potential membrane modification leading to acriflavine hindering infection. When the ac gene was deleted from the T4 phage (T4Δ ac ), the mutated phage was capable of infecting the three host variants (empty, non-induced and induced) in the presence of acriflavine, showing resistance to this acridine. Based on experimental results and protein structure prediction, we propose that the Ac protein integrates into the bacterial host cell membrane and interacts with the AcrAB-TolC efflux pump, either altering its conformation or blocking its function, thereby preventing the excretion of acriflavine which accumulates in the cell and impedes DNA replication

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,191
Écart entre enseignants0,187 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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